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文章摘要
舒培军,曾鸿俏,张力雄,刘明明,方再光.琼胶降解菌FG12的全基因组测序[J].海南大学学报编辑部:自然科学版,2017,35(2):.
琼胶降解菌FG12的全基因组测序
Whole Genome Sequencing in agar-degrading strain FG12
投稿时间: 2017-02-27  最后修改时间: 2017-04-11
DOI:
中文关键词: 琼胶降解菌;琼胶寡糖;全基因组测序;基因功能
英文关键词: agar-degrading strain; agarooligosaccharide; Whole Genome Sequencing; Gene function
基金项目:国家自然科学(40666001),海南大学青年基金(qnjj1205),校县合作项目(02005001)
作者单位E-mail
舒培军 海南大学热带生物资源教育部重点实验室;海南省热带水生生物技术重点实验室;海口;570228 503409293@qq.com 
曾鸿俏 海南大学热带生物资源教育部重点实验室;海南省热带水生生物技术重点实验室;海口;570228  
张力雄 海南大学热带生物资源教育部重点实验室;海南省热带水生生物技术重点实验室;海口;570228  
刘明明 海南大学热带生物资源教育部重点实验室;海南省热带水生生物技术重点实验室;海口;570228  
方再光 海南大学热带生物资源教育部重点实验室;海南省热带水生生物技术重点实验室;海口;570228  
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中文摘要:
      【目的】为获得琼胶寡糖的高产琼胶降解菌,对FG12进行全基因组测序。【方法】通过Illumina Hiseq2000平台测序,使用SOAPdenovo 2.04软件拼接组装,Glimmer 3.02预测基因的开放性阅读框,RNAmmer 1.2预测rRNA,tRNAscan-SE 1.23预测tRNA,并采用COG、CO和KEGG等数据库预测其基因功能。【结果】FG12的基因组大小为4.11Mb,GC含量37.76%;共有4441开放性阅读框,其平均长度为780bp,76个tRNA,5个rRNA;有琼胶寡糖代谢相关的基因和抗生素的代谢途径。【结论】琼胶降解菌FG12有潜力改造成为高效的工程菌。
英文摘要:
      [Objective]To abtain agar-degrading strain producing agarooligosaccharide effectively, we sequenced the gene from FG12.[Methods]It was carried out by the Illumina Hiseq2000 sequencing system and assembled by SOAPdenovo 2.04. Open reading frame of the gene , rRNA and tRNA were predicted by Glimmer 3.02, RNAmmer 1.2 and tRNAscan-SE 1.23, respectively. Gene function were annotated by COG, CO and KEGG databases.[Results]FG12 had the genome size of 4.11Mb with the G+C content of 37.76%, contained 4,441 open reading frames (ORFs), the average length of which was 780bp, 76 tRNA , 5r RNA,agar oligosaccharide metabolism-related genes and metabolic pathways of antibiotics.[Conclusion]Agar-degrading bacteria FG12 has the potential to be transformed into an efficient engineering bacteria.
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